evrimsel süreçte birbiriyle bağlantılı 4 farklı versiyondan oluştuğu bilinen, aspartik proteaz enzimlerine verilen ad. ağırlıkları 31 ile 36 kda arasında değişir.
pepsin a: mide asidindeki dominant enzim, ec kodu 3.4.23.1'dir. pepsinojen a'nın sınırlı proteolizi sonucu oluşan 327 aminoasitlik tek zincirli bir fosfoproteindir. çoğunlukla proteinlerin hidrofobik [suyu sevmeyen] artıklarından [residue] parçalamayı tercih eder. pepsin a'nın fosforillenmemiş formu pepsin d olarak adlandırılır.
pepsin b: diğer adı parapepsin ve ec kodu 3.4.23.2 olan, daha çok domuzlarda bulunduğu bilinen versiyon. domuz pepsinojen b'nin sınırlı proteolizi sonucu oluşan 332 aminoasitlik tek zincirli bir fosfoproteindir. hemoglobine karşı ufak düzeyde bir aktivitesi olsa da, daha çok jelatini degrade eder [parçalar].
aminoasitlere karşı seçiciliği de pepsin a'ya göre daha fazladır. örneğin phe1-val2, gln4-his5, gly23-phe24 aminoasitleri [birinci sıradaki fenilalanin ile ikinci sıradaki valin, 4. sıradaki glisin ile 5. sıradaki histidin, 23. sıradaki glisin ile 24 sıradaki fenilalanin] arasındaki peptid bağlarını kesemez.
pepsin c: diğer bir adı gastriksin (= parapepsin ii), ec kodu 3.4.23.3 olan versiyon. pek çok omurgalı hayvanda bulunduğu bilinmektedir. pepsinojen c'nin sınırlı proteolizi sonucu oluşan 388 aminoasitlik tek zincirli bir fosfoproteindir. sadece tirozin ile ondan sonra gelen aminoasit arasındaki peptit bağına spesifik olduğu bilinmektedir.
