boyutları çoğunlukla mikrometre ve nanometre ile ölçülen küçücük minicik her yerde ve neredeyse dünya var olduğundan bu yana her zaman yaşamış olan organizmalar. en eski mikroorganizmaların yaklaşık 4 milyar yıl önce yaşamaya başladıkları şu an fosillerden alınan örneklerle kanıtlanmıştır. protozoalar, algler, mantarlar, bakteriler ve virüsler büyükten küçüğe sıralanmış mikroorganizma alt sınıflarıdır.
sınıflandırılmalarına dair iki ana sistem bulunmaktadır. bunlardan biri whittaker'ın 5 alemli sınıflandırmasıdır ve plantae, fungi, animalia, protista, monera şeklindedir. bir diğeri ise bacteria, archaea, eukarya olmak üzere woese'nin üç alemli sınıflandırmasıdır. virüsler ise bu gruplardan hiç birine dahil edilemeden aselüler organizmalar olarak kendilerine bir yer edinmişlerdir.
