1999'da
şamil basayev'in çeçenistan'da şeriat yönetimine geçileceğini açıklaması ve rusların moskova ve dağıstan'daki bazı bombalama eylemlerinden çeçenleri sorumlu tutması üzerine başlayan savaş. fakat şamil basayev bombalamalarla ilişkileri olmadığını açıkladı ve sürgündeki bazı üst düzey ruslar da çeçenya'ya savaş ilan etmek için bombalamaları rus gizli servisinin düzenlediğini açıkladı.
birinci rus çeçen savaşından ağzı yanan ruslar bu sefer yavaş yavaş ilerledi ve geçecekleri her yeri en az bir hafta topçu ateşine tuttu. bu da şimdiye kadar 250.000 sivilin ölümüne neden oldu. hatta ruslar çeçenlere yardım ettiğini ileri sürdükleri gürcü köylerini de bombaladılar. buna karşın çeçenler de seslerini duyurmak için yaptıkları rehin alma eylemleriyle, 11 eylül'ün de etkileriyle dünya medyasında terörist durumuna düştüler.
2000 yılında rusya kontrolü ele geçirdi ve
ahmet kadirov yönetiminde kukla bir hükumet iş başına geçti. 2002'de direnişçilerin lideri
emir hattab öldürüldu, yerine
emir ebu el-velid geçti.
2003' de çeçenistan'a büyük ölçüde özerklik tanıyan bir yapı kuruldu fakat bu özerklik gene de sıkı bir şekilde moskova yönetimine bağlandı. aynı yıl yapılan seçimlerde ahmet kadirov oylarin büyük çoğunluğunu alarak tekrar başa geçti. fakat bağımsızlık yanlısı çeçenlerin seçime girmesinin engellendiği ve ahmet kadirov'un kişisel askeri birliklerini kullanarak politik rakiplerini saf dışı bıraktığı yönündeki tartışmalar hala devam ediyor.